Μετά την ανεξαρτησία της Κύπρου το 1960 η Κυβέρνηση της Κύπρου ζήτησε από τον Διεθνή Οργανισμό Υγείας το 1965 να ετοιμάσει προκαταρκτική μελέτη Βιωσιμότητας για το Αποχετευτικό Σύστημα Λυμάτων και Ομβρίων Υδάτων της Λευκωσίας. Αντικείμενο της προσπάθειας ήταν να διαπιστωθεί κατά πόσο δικαιολογείτο μια πλήρης μελέτη επί μεγάλης κλίμακας.
Η εν λόγω έκθεση χρησιμοποιήθηκε σαν βάση για την μελέτη που αναλήφθηκε από ξένο Οίκο Εμπειρογνωμόνων το 1968 και η οποία προνοούσε, με εκτέλεση σε τρεις φάσεις του Έργου για το Σύστημα Λυμάτων και Ομβρίων Υδάτων στη Λευκωσία και με πρόνοια για μελλοντική επέκταση του.
Στην τότε εποχή το Αποχετευτικό Σύστημα της Λευκωσίας αποτελείτο από ξεχωριστούς σηπτικούς και απορροφητικούς λάκκους σε κάθε υποστατικό, με τα περισσότερα όμως υποστατικά να έχουν σύγχρονες υγειονομικές εγκαταστάσεις.
Σε πολλές περιοχές της Λευκωσίας όπου το έδαφος είναι αργιλώδες η απορρόφηση από τους λάκκους ήταν ανεπαρκής δημιουργώντας έτσι την ανάγκη συχνών και δαπανηρών εκκενώσεων των λάκκων και απόρριψης των βοθρολυμάτων σε περιοχές εκτός Λευκωσίας. Οι πλέον προβληματικές περιοχές οι οποίες προσέφεραν και το κίνητρο για να γίνει η μελέτη ήταν εκείνη γύρω από το ξενοδοχείο Χίλτον, η οποία εκτείνεται νότια της Λευκωσίας, η εντός των τειχών Λευκωσία, η περιοχή δυτικά του ποταμού Πεδιαίου και η περιοχή Παλλουριώτισσας. Έτσι, στις αρχές του 1968 άρχισε η μελέτη για το Σύστημα Αποχετεύσεων Λευκωσίας.
Βάσει αυτής της μελέτης, εγκαθιδρύθηκε το 1971 το Συμβούλιο Αποχετεύσεων Λευκωσίας με σκοπό την κατασκευή, λειτουργία και συντήρηση του Κεντρικού Αποχετευτικού Συστήματος Λευκωσίας.
Οι τρεις πρώτες Φάσεις κατασκευής του συστήματος αποφασίστηκαν με βάση τα δεδομένα της τότε εποχής δηλαδή του 1968.
Η Πρώτη Φάση του συστήματος άρχισε το 1972 και κάλυψε μια περιοχή 1060 σκαλών, η οποία περιελάμβανε τις περιοχές του Γενικού Νοσοκομείου Λευκωσίας, του Ξενοδοχείου Σαράϊ, την Τουρκοκρατούμενη περιοχή Λευκωσίας, περιοχές των Πρεσβειών των Ηνωμένων Πολιτειών Αμερικής, της Κίνας και του Ηνωμένου Βασιλείου καθώς και αριθμό ιδιωτικών υποστατικών. Το κόστος του έργου της πρώτης Φάσης ανήλθε σε £3.100.000 (Λίρες Κύπρου) και ολοκληρώθηκε το Μάϊο του 1980.
Η Δεύτερη Φάση, έκτασης 450 σκαλών περίπου, περιλάμβανε το υπόλοιπο μέρος της εντός των τειχών Πόλης καθώς επίσης την Ομορφίτα και το Καϊμακλί. Η περιοχή που παρουσίαζε το μεγαλύτερο πρόβλημα ήταν η εντός των τειχών Πόλη. Το Δεκέμβριο του 1982, οπότε και συμφωνήθηκε με την τότε Ευρωπαϊκή Οικονομική Κοινότητα (ΕΟΚ) η χρηματοδότηση της Δεύτερης Φάσης του Αποχετευτικού Συστήματος Λευκωσίας, σε περαιτέρω έρευνα που διενεργήθηκε προσδιορίστηκαν νέες προτεραιότητες. Διαφάνηκε ότι οι περιοχές Ομορφίτας και Καϊμακλίου δεν είχαν άμεση ανάγκη εξυπηρέτησης αλλά η περιοχή της Παλλουριώτισσας, της ίδιας έκτασης περίπου, είχε άμεση ανάγκη τέτοιας εξυπηρέτησης. Γι’ αυτό και η ΕΟΚ αποδέκτηκε να περιληφθεί και η Παλλουριώτισσα στη Δεύτερη Φάση.
Το Εργοστάσιο Επεξεργασίας Λυμάτων Μιας Μηλιάς το οποίο και θα εξυπηρετούσε τις πρώτες δύο Φάσεις με πρόνοια για μελλοντική επέκταση, κατασκευάστηκε νότια του ποταμού Πεδιαίου και νοτιοανατολικά του χωριού Μια Μηλιά. Η επεξεργασία για την οποία γινόταν τότε εισήγηση αφορούσε αεριζόμενες ανοικτές δεξαμενές καθώς και επαμφοτερίζουσες δεξαμενές. Η ποιότητα του επεξεργασμένου νερού ήταν τέτοια που επέτρεπε την επαναχρησιμοποίηση για αρδευτικούς σκοπούς ή και για απόρριψη στον Πεδιαίο ποταμό κατά την διάρκεια των χειμερινών μηνών.
Δυστυχώς η Τουρκική εισβολή στην Κύπρο το 1974 δημιούργησε σοβαρά προβλήματα στη συνέχιση των κατασκευαστικών εργασιών καθώς και καθυστέρηση στη χρήση του Αποχετευτικού Συστήματος για πολλά χρόνια. Ως αποτέλεσμα της Τούρκικης εισβολής το Εργοστάσιο Επεξεργασίας Λυμάτων το οποίο είναι περίπου 2,5 χιλιόμετρα πέραν της περιοχής που βρίσκεται κάτω από τον αποτελεσματικό έλεγχο της Κυπριακής Κυβέρνησης κατέστη μη προσπελάσιμο για το ΣΑΛ.
Κατά το στάδιο εκείνο η πρώτη Φάση του δικτύου αποχετεύσεων είχε περίπου συμπληρωθεί. Το έργο περιλάμβανε περίπου 83 χιλιόμετρα αγωγών αποχετεύσεων και 25 χιλιόμετρα περίπου οικιακών συνδέσεων. Ωστόσο δεν κατέστη δυνατό να συμπληρωθεί εκείνο το κρίσιμο σημείο του κεντρικού αγωγού διαμέσου της νεκρής ζώνης, που δημιουργήθηκε ως αποτέλεσμα της Τουρκικής Εισβολής. Το Εργοστάσιο Επεξεργασίας Λυμάτων ήταν σχεδόν συμπληρωμένο αλλά σημαντικό μέρος του καταστράφηκε κατά τη διάρκεια των βομβαρδισμών από τα Τουρκικά στρατεύματα εισβολής με αποτέλεσμα να χρειαστούν ουσιαστικές επιδιορθώσεις σε μεταγενέστερο στάδιο.
Το 1978 οι χειρισμοί και οι μακρές συζητήσεις μεταξύ του τότε Δημάρχου Λευκωσίας και Προέδρου του Συμβουλίου Αποχετεύσεων κ. Λέλλου Δημητριάδη και του τότε εκπροσώπου των Τουρκοκυπρίων κ. Μουσταφά Ακκιντζή, με την ενθάρρυνση και βοήθεια του Γραφείου Ανάπτυξης των Ηνωμένων Εθνών στην Κύπρο (UNDP) καθώς και της Διεθνούς Τράπεζας που ήταν ο χρηματοδότης του έργου κατέληξαν σε συμφωνία για συμπλήρωση και λειτουργία του Έργου. Η συμφωνία περιλάμβανε πρόσθετη εργασία στην Τουρκοκρατούμενη περιοχή Λευκωσίας, η οποία παρόλον ότι ήταν συγκριτικά μικρή σε όγκο εντούτοις πρόσθετε σημαντικό βιολογικό φορτίο στο Εργοστάσιο Επεξεργασίας Λυμάτων λόγω της σύνδεσης συγκεκριμένων βιομηχανιών (Γαλακτοκομείων κλπ.).
Μεταξύ των ετών 1992-1995 λόγω της Βιολογικής υπερφόρτωσης του Σταθμού δημιουργήθηκε πρόβλημα δυσοσμίας και οχληρίας στους κατοίκους των γειτνιαζουσών περιοχών Καϊμακλίου και Παλλουριώτισσας. Για τον σκοπό αυτό το Συμβούλιο προέβη το Νοέμβριο του 1995, ως μέτρο έκτακτης ανάγκης, στην εγκατάσταση 52 μηχανικών αναδευτήρων στις αεριζόμενες δεξαμενές και το πρόβλημα απαμβλύνθηκε σε κάποιο βαθμό. Όμως η περαιτέρω επέκταση του Εργοστασίου Επεξεργασίας Λυμάτων στη Μια Μηλιά, με σχεδιαστικό ορίζοντα 2005, ήταν επιβεβλημένη και γι’ αυτό το Συμβούλιο σε συνεργασία με τα γραφεία UNOPS και την Τουρκοκυπριακή Κοινότητα προέβηκε στην ετοιμασία των αναγκαίων σχεδίων. Η επέκταση του Εργοστασίου ολοκληρώθηκε το 2000 οπότε η δυναμικότητα του για επεξεργασία λυμάτων ανήλθε στα 20.000 κ.μ. ημερησίως, πράγμα που έδωσε την ευκαιρία και σε νέες περιοχές να συνδεθούν.
Η Τρίτη Φάση άρχισε το 1988 και ολοκληρώθηκε το 1995. Κάλυψε κυρίως τις περιοχές Αγίου Ανδρέα, Αγίου Παύλου και Βορείου Πόλου στο Καϊμακλί καθώς και τις περιοχές Ακρόπολης στο Στρόβολο όπως και σημαντικό μέρος της δημαρχούμενης περιοχής Αγίου Δομετίου. Η Φάση αυτή επεκτάθηκε επίσης και στην Τουρκοκρατούμενη περιοχή της Λευκωσίας. Το έργο επιχορηγήθηκε από την Υπάτη Αρμοστεία των Ηνωμένων Εθνών για τους Πρόσφυγες (UNHCR).
Η Τέταρτη Φάση του Αποχετευτικού Συστήματος Λευκωσίας τέθηκε σε λειτουργία το 1993 και κάλυψε την περιοχή Ανθούπολης, νοτιοανατολικά της Λευκωσίας με χρηματοδότηση από την Κυπριακή Κυβέρνηση και συνολικό κόστος £1.500.000 (Λίρες Κύπρου) περίπου.
Το Νοέμβριο του της ίδιας χρονιάς τέθηκε σε λειτουργία το Εργοστάσιο Επεξεργασίας Λυμάτων στην Ανθούπολη με δυναμικότητα 700κμ ημερησίως. Εξυπηρετούσε πληθυσμό 6500 κατοίκων από τους Κυβερνητικούς Οικισμούς Ανθούπολης και Χρυσοσπηλιώτισσας καθώς και μέρος της περιοχής Ανθούπολης.