Αρχικά, με την ίδρυσή του, στόχος του Τμήματος ήταν η απάμβλυνση της δυσμενούς οικονομικής κατάστασης στην οποία βρισκόταν ο αγροτικός κόσμος, κυρίως, μέσω της επιμόρφωσης και της καθοδήγησης των αγροτών, καθώς και μέσω της εφαρμογής διαφόρων προγραμμάτων. Ιδιαίτερη έμφαση δόθηκε σε θέματα, όπως η εισαγωγή νέων βελτιωμένων ποικιλιών φυτών και φυλών ζώων, η καταπολέμηση φυτικών ασθενειών, η αντικατάσταση των γεωργικών εργαλείων με πιο σύγχρονα κ.ά.
Σήμερα, στη μετενταξιακή περίοδο, βασικός στόχος του Τμήματος Γεωργίας είναι η συνεχής αναβάθμιση και η βελτίωσή του, έτσι ώστε να αποτελεί μια σύγχρονη και αποτελεσματική Υπηρεσία, προκειμένου να εξυπηρετεί, στο μέγιστο δυνατό βαθμό, το καλώς νοούμενο συμφέρον του αγροτικού κόσμου. Είναι μια Υπηρεσία που μελετά σε βάθος και αξιολογεί ορθολογικά και αντικειμενικά τα πολύπλοκα δεδομένα του ευρωπαϊκού περιβάλλοντος, στον τομέα της γεωργίας και ευρύτερα της αγροτικής ανάπτυξης, σε σχέση πάντα με τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά της κυπριακής γεωργίας, έτσι ώστε να προσφέρει στον κύπριο αγρότη έγκαιρη, έγκυρη, αντικειμενική και ολοκληρωμένη ενημέρωση και καθοδήγηση.
Η ενημέρωση, η εκπαίδευση, καθώς και η επαγγελματική κατάρτιση του αγροτικού κόσμου στις τελευταίες τεχνολογικές εξελίξεις και σε θέματα εναρμόνισης της κυπριακής γεωργίας με το ευρωπαϊκό κεκτημένο, αποτελούν τη σημαντικότερη παράμετρο της αποστολής του Τμήματος. Αυτοσκοπός του Τμήματος είναι η αξιοπιστία, η αποδοτικότητα και η σωστή οργάνωση για την πρακτική υλοποίηση των διαφόρων μέτρων πολιτικής, πάντα με ευαισθησία ως προς τα συμφέροντα του αγροτικού κόσμου και με αυστηρή προσήλωση προς τους κανόνες και τις προδιαγραφές του κοινοτικού κεκτημένου. Επιπρόσθετα, προσπάθεια και στόχος είναι οι οποιεσδήποτε εισηγήσεις μας, είτε αυτές απευθύνονται στους αγρότες ή στα θεσμοθετημένα Όργανα της ΕΕ, να είναι πρακτικές και, ταυτόχρονα, καινοτόμες και προοδευτικές μέσα από μια ολοκληρωμένη πολιτική που ενσωματώνει το στοιχείο τόσο του μεσοπρόθεσμου, όσο και του μακροπρόθεσμου σχεδιασμού.